La Junta de Gobierno de la CECEL, elegida, estatutariamente, por los Centros confederados durante las Asambleas Extraordinarias que suelen coincidir con las Asambleas anuales Ordinarias, dirige la vida académica, organizativa y administrativa de la Confederación, ejecutando los acuerdos tomados mayoritariamente en las Asambleas anuales y cuidando del cumplimiento de los Estatutos por los que se rige.

Actualmente, y desde su renovación en la Asamblea General Anual de Lleida, el 23 de septiembre de 2017, su composición es la siguiente:

PRESIDENTE DE HONOR:

• † Dr. José Simón Díaz. Instituto de Estudios Madrileños (Madrid)

PRESIDENTES DE HONOR Y VOCALES PERMANENTES:

• Dr. Carlos Valle Pérez. Museo de Pontevedra (Pontevedra)
• Dra. Ángela Madrid Medina. Instituto de Estudios Manchegos (Ciudad Real)
• Dr. Esteban Sarasa Sánchez. Institución «Fernando el Católico» (Zaragoza)

PRESIDENTE:

• Dr. Ernesto Fernández-Xesta y Vázquez. Real Academia Matritense de Heráldica y Genealogía (Madrid)
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VICEPRESIDENTE:

• Dr. Joan Busqueta i Riu, Institut d’Estudis Ilerdencs,(Lleida)
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SECRETARIO GENERAL:

• Dr. José María de Francisco Olmos. Real Academia Matritense de Heráldica y Genealogía (Madrid)
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TESORERO:

• Dr. José Manuel López Gómez. Institución “Fernán González” (Burgos)
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REPRESENTANTE DEL CSIC EN LA CECEL:

• Dra. doña María Dolores Elizalde Pérez-Grueso
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VOCALES:

• Dr. Manuel Joaquín Salamanca López, Asociación Seminario de Cultura ‘Lope de Barrientos’ (Cuenca)
• D. José Mariño Serrano, Centro de Estudios Benaventanos ‘Ledo del Pozo’ (Benaventa, Zamora)
• Dr. José Manuel Rodríguez Domingo, Centro de Estudios ‘Pedro Suárez’ (Guadix, Granada)
• D. Ramón Rodríguez Álvarez, Real Instituto de Estudios Asturianos (Oviedo)
• D. Rafael Cantalejo San Frutos, Real Academia de Historia y Arte de San Quirce (Segovia)
• D. Pedro Serra Rosell, Sociétat Catalana de Genealogia Heràldica Sigil.lografia Vexilol.logia i Nobiliària (Barcelona)
• Dª Mª Teresa Fernández Talaya, Institutto de Estudios Madrileños
• D. José Ignacio Martín Benito, Centro de Estudios Mirobrigenses (Ciudad Rodrigo, Salamanca)
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