La lista de personas que han ocupado el cargo de Secretario General de la Junta de Gobierno de la CECEL desde 1981 es la siguiente:

• D. Rogelio Pérez Bustamante
• D. José Luis García Velasco. Museo de Pontevedra (1981-1983)
• D. José Antonio Pérez Rioja. Centro de Estudios Sorianos (1983-1989)
• D. Ángel Bahamonde Magro. Instituto de Estudios Madrileños (1989-1993)
• Dª Ángela Madrid y Medina. Instituto de Estudios Manchegos (1993-2001, pasó a Presidenta)
• D. José Aparicio Pérez. Real Academia de Cultura Valenciana (2001-2009)
• D. Ernesto Fernández-Xesta y Vázquez. Real Academia Matritense de Heráldica y Genealogía (2009-2017, pasó a Presidente)
• D. José María de Francisco Olmos. Real Academia Matritense de Heráldica y Genealogía (Madrid) (2017- )