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La Confederación tiene el propósito de mantener y de dar continuidad a proyectos ya iniciados, así como de incorporar aquellos que se estimen oportunos a propuesta de los diferentes Centros confederados o del propio CSIC, para desarrollar los convenios suscritos por la CECEL y para fomentar las relaciones con el CSIC.
En la actualidad se trabaja en las siguientes líneas:
